โมบิลสูทกันดั้ม 0079 เป็นเรื่องราวการทำสงครามกันระหว่างสองฝ่าย ซึ่งฝ่ายหนึ่งเป็นกลุ่มสหพันธโลกและอีกฝ่ายเป็นกลุ่มที่แยกตัวออกมาจากสหพันธโลกโดยใช้ชื่อว่า จักรวรรดิซีออน (Zeon) เดิมทีจักรวรรดิซีออนอยู่ภายใต้การปกครองของรัฐบาลกลุ่มสหพันธโลกแต่เกิด ความไม่พอใจในการปกครองของรัฐบาลโลกที่กีดกั้นสิทธิชาวสเปซนอยด์(คนเร่ร่อนในอวกาศ) จึงคิดแยกตัวป็นอิสระ จักรวรรดิซีออนเปิดฉากสู้รบกับรัฐบาลกลุ่มพันธมิตรโดยมีเป้าหมายยึดพื้นที่ทั้งหมด ถึงแม้ว่าประชากรของซีอ้อนมีกำลังทหารน้อยกว่าแต่ก็เป็นผู้บุกเบิกอาวุธสงคราม รูปร่างคล้ายคนเรียกว่า "โมบิลสูท" ทำให้สหพันธโลกยังไม่อาจต่อกรกับซีอ้อนได้ รัฐบาลกลุ่มพันธมิตรโลกจึงนำมนุษย์ขึ้นบนยานเพื่อความปลอดภัยของทุกคนจึงเป็นจุดเริ่มต้นของเรื่องโมบิลสูทกันดั้มโดยมีหุ่นโมบิลสูทตัวแรกของฝ่ายพันธมิตรโลก เรียกกันว่า"กันดั้ม" ภายใต้การควบคุมของเด็กหนุ่ม อามุโร่ เป็นตัวเอกของการดำเนินเรื่อง