เนื้อเรื่องเกิดขึึ้นในโลก β (Beta) ที่ โอคาเบะ รินทาโร่ กลับจากโลกที่ช่วย คุริสุ ไว้ไม่ได้ อยู่ในสภาพสิ้นหวัง ทิ้งภาพลักษณ์เดิมในแบบนักวิทยาศาสตร์สติเฟื่องของเขาไป และกลับไปใช้ชีวิตเป็นนักศึกษามหาวิทยาลัย จนเขาได้พบมาโฮรุ่นพี่ของคุริสุและ Amadeus ปัญญาประดิษฐ์ที่จำลองคุริสุไว้เหมือนจริงทุกประการ ในขณะที่องค์กรเบื้องหลังยังคงดำเนินการเปลี่ยนแปลงโลกตามเป้าหมายเดิม และสงครามโลกครั้งที่สามกำลังมาถึง