เรื่องราวในภาคนี้เป็นเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นมาหลังจาก การต่อสู้อันเป็นตำนานของอควอเรี่ยนเมื่อ 12,000 ปีฮ่องกงเมืองที่ อมาตะ โซระ เด็กหนุ่มทำงานรับจ้างในโรงฉายภาพยนตร์ วันหนึ่งเขาได้พบกับเด็กสาวชื่อว่า มิโคโนะ เขาตกหลุมรักเธอทันทีตั้งแต่แรกพบ ทั้งสองคนพูดคุยกันถูกคอ แต่แล้วเหตุการณ์ที่ไม่คาดคิดก็เกิดขึ้น เมื่อกองกำลังจากโลกอัลเทียที่นำโดยคางุระพาผู้ลักพามาตามจับตัวมนุษย์เพื่อไปยังโลกอัลเทีย ซึ่งในตอนนั้นก็ได้หุ่นยนต์อควอเรียของโรงเรียนเนโอดีว่านำทีมโดยคาเยนและ เซสซิก้านักบินระดับท็อปการต่อสู้นั้นฝีมือห่างชั้นกันอย่างไม่น่าเชื่อ แถมยังทำให้อามาตะและมิโคโนะประสบอุบัติเหตุอีกด้วยซึ่งอมาตะนั้นคิดที่จะปกปป้องมิโคโนะ เขาจึงตัดสินใจถอดแผ่นเหล็กที่ถ่วงไว้ที่รองเท้าออก ทำให้ตัวเขาและมิโคโนะลอยขึ้นจากพื้นดิน เผยให้เห็นปีกแห่งสุริยัน แถมเขายังสามารถเรียกเวคเตอร์ Z ออกมาต่อสู้ จนสามารถทำให้คางุระล่าถอยกลับไป และนี่คือเองคือจุดเริ่มต้นของชะตากรรมที่พวกเขาต้องเจอ... พบกับตำนานบทใหม่ได้ใน Aquarion Evol